Αναγνωρίζονται 3 τύποι ενδομητρίωσης. Αξίζει να σημειωθεί πως αυτή η κατάταξη είναι ανατομική ( σχετίζεται, δηλαδή με το πού βρίσκονται οι εστίες της ενδομητρίωσης) και δεν υπάρχει πάντα ξεκάθαρη συσχέτιση ανάμεσα στον τύπο της ενδομητρίωσης και το είδος ή τη βαρύτητα των συμπτωμάτων:

1. Επιφανειακές περιτοναικές βλάβες ( superficial peritoneal lesions, SUP): Η πιο ήπια μορφή της νόσου. Επιφανειακές βλάβες στο περιτόναιο ( τον λεπτό, διάφανο υμένα που καλύπτει τα όργανα της κοιλιάς και της πυέλου)
2. Ενδομητρίωμα οωθήκης( Ovarian endometriomas, OMA): Κύστη οωθήκης, γνωστή κι ως ‘’σοκολατοειδής κύστη’’. Το τοίχωμα της κύστης περιέχει εστίες ενδομητρίωσης. Η κύστη περιέχει παλιό αίμα, δίνοντας το χαρακτηριστικό χρώμα σοκολάτας. Η παρουσία ενδομητριώματος θεωρείται ένδειξη σοβαρής νόσου.
3. Βαθιά διηθητική (εν τω βάθει) ενδομητρίωση: H πιο σοβαρή μορφή της νόσου. Οι εστίες της ενδομητρίωσης διηθούν σε βάθος τουλάχιστον 5 χιλιοστά κάτω απο το περιτόναιο. Σε αυτή τη μορφή, η ενδομητρίωση μπορεί να προσβάλλει όργανα όπως το έντερο, η ουροδόχος κύστη, οι ουρητήρες, τα νεύρα κ.ά.