Οι εστίες ενδομητρίωσης διηθούν σε βάθος (άνω των 5 χιλιοστών) ένα η περισσότερα τμήματα του εντερικού σωλήνα, προκαλώντας, συνήθως, έντονα εντερικά συμπτώματα. Μπορεί να προσβάλει το ορθό, το σιγμοειδές, τον τελικό ειλεό και τη σκωληκοειδή απόφυση, προκαλώντας έντονη αλλοίωση της φυσιολογικής ανατομίας.
