Οι εστίες ενδομητρίωσης διηθούν σε βάθος (άνω των 5 χιλιοστών) ένα η περισσότερα τμήματα του ουροποιητικού συστήματος. Συχνά σημεία διήθησης είναι η ουροδόχος κύστη και/ή οι ουρητήρες. Όταν προσβάλλουν την ουροδόχο κύστη, συνήθως, προκαλούν πόνο και αυξημένη συχνότητα ούρησης. Όταν προσβάλουν τους ουρητήρες, μπορεί να προκαλέσουν έντονη στένωση (έως και απόφραξη) αυτών χωρίς κανένα σύμπτωμα, επηρεάζοντας τη νεφρική λειτουργία (υδρονέφρωση).
